Фамилия Борондукова — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным диалектным словом, а не с именем или профессией. Разбирать её стоит с корня, а не с суффикса, потому что именно в корне скрыта главная загадка.

Вероятнее всего, основа «борондук» — это фонетический вариант слова «бурундук». В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, чередование «о/у» в первом слоге — явление обычное: говорят и «борундук», и «бурундук». Зверёк, известный своим полосатым окрасом и суетливым нравом, мог стать прозвищем для человека юркого, подвижного, возможно, с резкими чертами лица или полосатой одеждой. Менее вероятно, но допустимо, что прозвище дали за рыжеватый цвет волос, напоминающий окрас зверька.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Борондуков — сын Борондука. Такая модель была типична для крестьянских и мещанских фамилий центральной России, но сама основа с «бурундуком» выдаёт регион бытования — Урал, Сибирь, северные области. В центральных губерниях этого зверька не знали, поэтому фамилия Борондукова почти со стопроцентной вероятностью возникла за Уралом или на Русском Севере, куда бурундук заходит.

Встречается и другой вариант написания — через «а»: Барандуков. Но здесь корень иной: от «баран» или диалектного «баранда» (неповоротливый человек). Борондукова же чётко держится за «бурундука». Связи с тюркскими языками, где «борун» означает «нос», маловероятны: суффикс «-дук» для тюркских прозвищ нехарактерен, а в русском языке он легко объясним через название животного.

Носительница фамилии Борондукова может с уверенностью предполагать, что её предок получил прозвище за сходство с лесным зверьком — по характеру, внешности или привычке делать запасы. Фамилия эта недворянская, крестьянская, и её география — места, где водятся бурундуки.