Фамилия Боронэ — редкий случай в русском ономастиконе. Её необычное окончание сразу бросается в глаза: типичные русские фамилии заканчиваются на -ов, -ев, -ин, -ский или -их. Окончание -э (с ударением на последний слог) выдает в ней либо западнославянское, либо русифицированное молдавское происхождение. В польском, белорусском и украинском языках фамилии с таким финалом встречаются чаще, чем в великорусской среде.

Основа фамилии — «Борон-». Скорее всего, она восходит к слову «борона» — сельскохозяйственному орудию для рыхления почвы. В старину борону делали из деревянных брусьев с железными зубьями, и прозвище Борона могли дать человеку крепкому, упрямому или неуступчивому, как этот инструмент. В говорах слово «борона» имело и переносное значение: так называли сварливую, въедливую женщину, но мужское прозвище тоже фиксируется.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «боронить» (защищать, оборонять). Тогда прозвище Бороня мог получить сторож, охранник или воин. Однако в этом случае логичнее было бы ожидать форму Бороня, а не Борона.

Суффикс -э в фамилии Боронэ может быть графическим отражением молдавского окончания -е (Боронэ читается с твердым «э»). В Молдавии и на юго-западе Украины такие фамилии не редкость. Если это так, то перед нами не прозвище, а фамилия, образованная от румынского слова «boron» (валун, булыжник) или от личного имени Борон. Но для русского уха это звучит как вариант фамилии Борона с измененным окончанием.

Сословная принадлежность носителей фамилии Боронэ не прослеживается по типовым справочникам. Судя по модели, она могла возникнуть в крестьянской или мещанской среде на западе Российской империи — в Бессарабской губернии или в польских землях. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия встречается единично, что подтверждает её редкость.