Фамилия Бошкоев — редкий случай, когда географический и языковой анализ даёт почти однозначный ответ, но с неожиданным поворотом. Она образована по тюркской модели: к основе Бошко- добавлен русский патронимический суффикс -ев, который в XIX–XX веках часто «русифицировал» фамилии нерусских народов при записи в документы. Сама основа Бошко — это усечённая форма от имени или прозвища Бошку, Бошкой (варианты: Бошко, Бошка). В тюркских языках (особенно в киргизском, алтайском, казахском) слово «бош» означает «пустой», «свободный», «слабый», но в именах оно чаще выступает как компонент сложных имён со значением «главный» или «старший» (ср. «баш» — голова, глава). Поэтому первая, самая вероятная версия: Бошкоев — «сын (потомок) человека по имени Бошко», где Бошко — либо уменьшительная форма от имени с корнем «баш» (например, Башкыр, Башкул), либо прозвище, данное вольному или независимому человеку.

Второй, более редкий сценарий — связь с топонимом. В Киргизии есть село Бошкой (в Таласской области), и фамилия могла возникнуть у выходцев оттуда: «Бошкоев» = «из Бошкоя». Такая модель (название села + -ев) типична для оседлых народов Средней Азии, переходивших на русскую форму фамилий в советское время.

С точки зрения сословной истории, Бошкоевы — это не дворянский род (фамилия не фиксируется в «Бархатной книге» или списках столбового дворянства). Скорее всего, предки были скотоводами, земледельцами или ремесленниками в степных и предгорных районах. В современной России фамилия встречается редко, в основном у потомков переселенцев из Средней Азии или у киргизов, принявших русское гражданство. Интересная деталь: в написании иногда путают с фамилией Бошаков (от «бошак» — «пустой» в тюркских диалектах), но Бошкоев чётко указывает на имя или место, а не на качество.