Фамилия Бошукова — женская форма фамилии Бошуков, и ключ к её происхождению лежит не в очевидном «бош» (такого слова в русском языке нет), а в суффиксальной модели. В основе почти наверняка лежит прозвище или имя Бошук. Суффикс -ук/-юк (а также -ак, -як) в восточнославянских фамилиях — типичный уменьшительный или «сыновний» формант, распространённый на Украине, в Белоруссии и в южнорусских землях. Он указывал на молодого человека, ученика, либо на сына человека с корневым именем. То есть Бошук — это «маленький Бош» или «сын Боша».

Сам корень «Бош» — спорный. Самая правдоподобная версия связывает его с чешским или польским словом «bůh» (бог) или «boży» (божий). В таком случае Бош — это сокращённая форма от славянского имени Божидар (Богдан) или от западнославянского Божислав. Прозвища, образованные от корня «бог», были часты у православных и католиков: они не считались кощунственными, а наоборот — подчёркивали благочестие или принадлежность к церковной среде. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «бош» (пустой, свободный) — такое прозвище могли дать холостяку или вольному человеку, но для русского ономастикона это маргинальная гипотеза.

Если отталкиваться от географии, фамилия Бошуков (и Бошукова) встречается в основном в регионах, граничащих с Украиной и Белоруссией — в Брянской, Смоленской, Курской областях, а также на Кубани, куда переселялись малороссы. Это подтверждает украинско-белорусский след суффикса. Предки носителей фамилии могли быть крестьянами или мещанами, получившими фамилию по прозвищу отца: скажем, некий Бош (богомольный человек или носитель имени Богдан) имел сына, которого в деревне звали Бошук, а его детей уже записали как Бошуковы.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: в русской традиции оно чаще падает на второй слог (Бошу́кова), но в украинском варианте возможно на первый (Бо́шукова). Разнобой в ударении типичен для фамилий с суффиксом -ук, которые при адаптации к русской орфоэпии смещали акцент. Других однокоренных фамилий с этим же корнем в русском языке мало — можно вспомнить разве что Бошенков или Бошев, но они образованы по другой модели и встречаются реже. Бошукова — фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, где прозвище Бошук закрепилось как родовое имя.