Фамилия Бовтрук — редкий пример того, как при образовании фамилии изменилась основа исходного слова. Исходное прозвище — Бовтар. Когда к нему добавили украинский патронимический суффикс -ук (указывающий на потомка, «маленького Бовтара»), гласный «а» выпал, и получилось Бовтрук. Такая модель характерна для западных и центральных областей Украины.

Прозвище Бовтар происходит от глагола «бовтати». В украинских и южнорусских говорах у этого слова было два основных значения. Первое — «говорить», причем чаще с оттенком пустой, излишней болтовни. Значит, предка могли прозвать за разговорчивость. Второе, более конкретное значение — «приводить жидкость в движение, мутить, взбивать, сбивать (масло)». Если исходить из этой версии, прозвище указывало на ремесло: Бовтаром называли того, кто сбивал масло или пахту.

Итак, фамилия Бовтрук означает «потомок Бовтара» — либо болтливого человека, либо маслодела. Обе версии имеют право на существование, хотя вторая (ремесленная) встречается в ономастике реже и потому интереснее. Географически фамилия тяготеет к Украине, где суффикс -ук встречается повсеместно.