Фамилия Бовтун — яркий пример того, как прозвище, данное по действию, закрепилось в родовом имени. Основа фамилии — украинский глагол «бовтати». В русском языке ему соответствуют сразу несколько значений: «болтать» в смысле «размешивать жидкость», а также «махать, качать». Поэтому первая и самая прямая версия — профессиональная. Бовтуном могли называть человека, чья работа была связана с постоянным взбалтыванием, перемешиванием чего-либо: например, красильщика, который размешивал краски, или мастера, готовившего растворы.

Однако у глагола есть и переносное значение — «приводить в состояние беспокойства», «суетиться». В этом случае прозвище Бовтун могло отражать не профессию, а характер. Так могли прозвать беспокойного, суетливого человека, который постоянно находится в движении и не даёт покоя окружающим. Такая двойственность типична для старых прозвищ: одно и то же слово часто описывало и род занятий, и манеру поведения.

Словообразовательная модель фамилии проста и характерна для украинской и южнорусской традиции. Суффикс -ун образует названия лиц по действию (сравните: «крикун», «молчун», «скакун»). Бовтун — буквально «тот, кто бовтает». Фамилия не имеет типичных русских окончаний -ов или -ин, что прямо указывает на её украинские или белорусские корни. В этих землях прозвища часто переходили в фамилии без дополнительных суффиксов, сохраняя исходную форму.

Таким образом, предки современных Бовтунов — это либо ремесленники, работавшие с жидкими составами, либо люди с живым, непоседливым нравом. Географически фамилия чаще всего встречается на Украине и в прилегающих областях России, что подтверждает её юго-западное происхождение.