Фамилия Божанинова — женская форма, а её мужской вариант — Божанинов. Это отчество, образованное от прозвища или нецерковного имени Божанин. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Божанина». Сама основа восходит к древнерусскому слову «божий» или «бог», но не напрямую, а через уменьшительно-ласкательную форму Божан — так в старину могли называть человека, которого считали «божьим», то есть смиренного, набожного или, наоборот, того, кто часто поминал Бога в речи. Встречается и другая версия: Божан — сокращение от славянского имени Божидар (Богдан), что значит «данный Богом». В этом случае фамилия Божанинов — ровесница таких распространённых, как Богданов или Божков, но с более редким суффиксальным оформлением.

Суффикс -инов (с ударением на второй слог: Божани́нов) в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин. Он характерен для прозвищ, оканчивавшихся на -анин, — например, Божанин, Горожанин, Крестьянин. Если предок носил прозвище Божанин (житель села с названием Божаны или человек «божьего» нрава), его дети автоматически получали отчество Божанинов. Географически фамилия привязана к центральным и северным губерниям России: в переписях XIX века носители Божаниновых встречаются в Вятской, Костромской и Владимирской губерниях. Встречается она и у старообрядцев, где прозвища от «божьего» корня были особенно употребительны.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к тюркским или финно-угорским языкам — это чисто славянское образование. В дореволюционных метрических книгах попадаются варианты написания Божаниновъ и Божанинова, но с утратой твёрдого знака в начале XX века форма закрепилась как Божанинова. Сегодня фамилия редкая: по данным современных справочников, в России её носят не более нескольких сотен человек, преимущественно в Поволжье и на Урале.