Фамилия Боженинова — редкий случай, когда женская форма закрепилась как основная для всей семьи, а не только как обозначение замужней женщины. В русской традиции фамилии на -ов/-ев и -ин обычно давались по мужчине-родоначальнику, и женская форма — это просто грамматическое изменение. Но здесь мы имеем дело с фамилией, которая в исходном виде звучит как Боженинов, а Боженинова — это либо её бытование в записи от матери, либо фамилия, которая не менялась по полу (как, например, у некоторых старообрядцев или в сёлах, где паспортизация зафиксировала форму, данную женщине-главе двора). Встречается она в основном на юге России, в Воронежской и Ростовской областях, что указывает на возможное формирование в среде однодворцев или казачества.

Корень фамилии — «Божен» или «Боженя». Это древнерусское нецерковное имя-прозвище, образованное от слова «бог» или «божий». В языке XI–XVI веков «божен» означало «блаженный», «счастливый», «богом данный». Имя Божен (или уменьшительное Боженя) давали ребёнку, которого считали долгожданным или родившимся после молитв. В некоторых говорах «боженя» — это ещё и ласковое обращение к ребёнку, почти как «божья коровка». Таким образом, Боженинов — это «сын Божени» или «потомок Божени».

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность к конкретному лицу: чей? — Боженин. Но здесь мы видим наращение -ов-: Боженин-ов. Такая модель встречается реже, чем просто -ин или -ов, и говорит о том, что прозвище Боженя было не нарицательным, а личным именем, от которого образовали патроним сначала с суффиксом -ин, а потом, возможно, для благозвучия или по аналогии с другими фамилиями, добавили -ов. В итоге получилась форма, которая звучит как притяжательное прилагательное от женского имени Божена, но на деле мужского происхождения.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить связь с польским или чешским именем Bożena (Божена), которое действительно существует в западнославянских языках и означает «божественная». Но в русской среде до XVIII века такие имена не встречались, а фамилия Боженинова — исконно русская по словообразованию. Поэтому версия о происхождении от древнерусского прозвища Боженя — основная и наиболее правдоподобная. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, получившими фамилию по имени или прозвищу родоначальника, которого в деревне звали Боженей — за счастливый нрав, за то, что родился по молитве, или просто за ласковое обращение к детям.