Фамилия Божененко, вероятно, ведет свое начало от мужского имени Боженя. По одной из версий, имя Боженя является уменьшительной формой славянского имени Богдан («данный Богом»). Согласно другой версии, Боженя – это одна из форм популярного в Польше имени Богуслав. В его основе лежит словосочетание «Богу слава», следовательно, Богуслав – «тот, кто славит Бога». Также нельзя исключить, что имя Боженя является формой имени Бажен/Божен, которое восходит к славянскому корню со значением «Бог, Божий, божественный». Вероятно, такое имя дали долгожданному ребенку, появление которого воспринималось как дар свыше: таким образом, фактически Божен — это ребенок, рождение которого, по мнению родителей, было благословлено Богом. Таким образом, потомок человека, которого звали Боженя, со временем получил фамилию Божененко.