Фамилия Боженина — женская форма от Боженин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования здесь редкая: не стандартное -ов/-ев или -ин, а -енин. Такие фамилии обычно указывали на принадлежность к определённой местности или группе людей. Суффикс -енин встречается в словах вроде «арзамасец» — житель Арзамаса, или «дворянин» — человек, относящийся к двору. Соответственно, Боженин мог означать «тот, кто из Божи» или «относящийся к Божему». Но что такое «Божье» в этом контексте? Самая вероятная версия — прозвище или мирское имя Божен, производное от «бог». В древнерусской традиции такие имена давали как оберег: человека называли Божен (Божий, отданный под покровительство Бога) в надежде на защиту высших сил. Это не было редкостью — имя Божен встречается в старых актах, например, в новгородских берестяных грамотах. От него и пошла фамилия: Божен → Боженин («сын Божена») → Боженина.

Есть и менее очевидная версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. В некоторых говорах «божа» или «боженька» означало не только Бога, но и икону, образ. Тогда прозвище Божен мог получить иконописец, резчик по дереву или просто набожный человек. Однако эта гипотеза слабее: от названия иконы скорее образовали бы фамилию через суффикс -ин (Божин), а не -енин.

Географически фамилия Боженин встречается в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Это регионы, где долго держались архаичные формы словообразования и где имя Божен могло сохраниться как редкое, но не уникальное. Сословно носители фамилии в основном принадлежали к крестьянам и мещанам — в дворянских родословных книгах Боженины не значатся.

Таким образом, корень фамилии — в древнем охранительном имени Божен, а суффикс -енин выдаёт её северное происхождение и старую модель образования, не типичную для массовых фамилий XIX века.