Фамилия Боженёва — женская форма фамилии Боженёв. Её основа — прозвище или неканоническое имя Божен. В старорусском языке слово «божен» означало «божок», «идол», «языческое божество», но могло быть и просто ласкательным обращением к человеку, которого сравнивали с божеством, то есть «боженька». В словаре древнерусских личных имён встречаются случаи, когда Боженом называли ребёнка, желая ему покровительства высших сил, или же давали такое прозвище человеку набожному, кроткому. В этом же ряду стоят фамилии Боженов, Божин, Божков, но Боженёв отличается суффиксом -ёв. Ударение в фамилии падает на последний слог: Боженёва.

Суффикс -ёв (фонетический вариант -ев под ударением) типичен для русских фамилий, образованных от основ на твёрдый согласный: Божен — Боженёв. Такая модель указывает на патроним — «сын Божена». Интересно, что в некоторых говорах, особенно в южнорусских и белорусских, слово «божень» могло иметь ироничный оттенок: так называли медлительного, «блаженного» человека. Поэтому не исключено, что фамилия закрепилась за потомками не только богомольного, но и простоватого предка.

Географически фамилия Боженёва наиболее плотно представлена в Смоленской, Брянской и Тверской областях, а также на востоке Беларуси. Это зона бытования фамилий на -ёв, которые в центральных регионах чаще заменялись на -ов. Встречаемость фамилии невысокая, что делает её редкой. В дореволюционных метрических книгах Боженёвы фиксировались преимущественно среди крестьян и мещан, без сословных привилегий. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии к группе, образованной от личных имён и прозвищ, не связанных напрямую с церковными святцами. Боженёв — не календарное имя, а народное, бытовое. Это значит, что предок носительницы фамилии получил своё прозвище в быту, и оно не имеет отношения к христианским именам вроде Богдан или Феодор.