Фамилия Боженькин — редкий случай, когда за одной формой скрываются две разные истории, и обе ведут к имени, данному с надеждой и любовью.

Самая прямая версия: фамилия образована от уменьшительного Боженька, которое служило домашней формой крестильного имени Богдан. Богдан — перевод с греческого имени Феодот («данный Богом»). В XVI—XVIII веках это имя было особенно популярно у русских и украинцев, а у южных славян форма Божко и вовсе стала самостоятельным именем. Покровителем Богдана считается священномученик Феодот Кесарийский, принявший это имя при крещении. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Боженькин, то есть сын или потомок Боженьки.

Вторая версия связана с нецерковным именем Бажен. Так называли желанного, долгожданного ребёнка (от слова «бажать» — желать, хотеть). Уменьшительная форма Боженько могла возникнуть как ласковый вариант этого имени. Мирские имена Бажен и Бажан были широко распространены по всей Руси, и фамилии Баженов, Бажанов встречаются часто. Боженькин — их более редкий «родственник».

Однако есть и третий оттенок смысла. В народной речи «боженькой» иногда называли не только ребёнка, но и баловня, изнеженного любимца, которого холят и лелеют. Прозвище могло закрепиться за человеком с мягким характером или, напротив, за тем, кого считали избалованным.

Разные версии не противоречат друг другу: все они сходятся в одном — в основе фамилии лежит ласковое, домашнее прозвание, которое давали с теплотой. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто фиксировали полное имя отца (Богданов), суффикс -ин закрепил именно уменьшительную форму. Это делает фамилию Боженькин не просто отчеством, а отпечатком семейного быта: так звали не «официального» предка, а того, кого в кругу родных называли по-свойски.