Фамилия Боженькин, по одной из версий, образована от производной уменьшительной формы мужского личного имени Богдан – Боженька. Это имя в переводе со старославянского языка означает «данный Богом». Имя Богдан часто встречалась у русских и украинцев в XVI-XVIII веках, а у болгар производная от имени Богдан форма Божко стало самостоятельным мужским личным именем. Одним из покровителей имени Богдан стал священномученик Феодот Кесарийский, принявший при крещении имя Богдан. Согласно другой гипотезе, мирское имя Боженько является уменьшительной формой нецерковного имени Бажен: так родители называли желанное дитя. Мирские имена Бажен и Бажан были распространены по всей Руси. Однако Боженькой могли называть и баловня, изнеженного любимца. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Боженька, со временем получил фамилию Боженькин.