Фамилия Боженькина — женская форма, а её основа восходит к мужскому прозвищу или личному имени Боженько. Чаще всего это уменьшительная форма от имени Богдан: в XVI–XVIII веках Боженько встречалось у русских и украинцев. У болгар похожая форма Божко даже стала самостоятельным мужским именем.

Другая версия связывает Боженько с нецерковным именем Бажен — так на Руси называли желанного, долгожданного ребёнка. Имена Бажен и Бажан были широко распространены, и Боженько могло быть их уменьшительным вариантом. Но не исключено, что прозвище имело иной оттенок: Боженькой могли назвать баловня, изнеженного любимца, которого холили и лелеяли.

С точки зрения словообразования фамилия Боженькина следует типичной русской модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть буквально «дочь или жена Боженьки». Мужская пара — Боженькин. Фамилия нечастая, географически тяготеет к южнорусским и украинским областям, где уменьшительные формы на -енько особенно характерны. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от полных имён или профессий, Боженькина сохраняет в основе ласкательный оттенок, что редкость для русских родовых имён.