Фамилия Боженькина, по одной из версий, образована от уменьшительной формы мужского личного имени Богдан – Боженько. Это имя часто встречалась у русских и украинцев в XVI-XVIII веках, а у болгар производная от имени Богдан форма Божко стало самостоятельным мужским личным именем. Согласно другой гипотезе, мирское имя Боженько является уменьшительной формой другого нецерковного имени Бажен: так родители называли желанное дитя. Мирские имена Бажен и Бажан были распространены по всей Руси. Однако Боженькой могли называть и баловня, изнеженного любимца. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Боженько, со временем получил фамилию Боженькина.