Фамилия Боженкина — женская форма фамилии Боженкин, и её происхождение связано не с церковным «боженькой», а с уменьшительно-ласкательным именем или прозвищем. В основе лежит имя Боженка, которое в старину было вполне конкретным, а не абстрактным обращением. Это могла быть производная форма от одного из крестильных имён: Богдан («Богом данный») или Борис (возможно, через народное переосмысление). В некоторых говорах «боженка» означала «любимица», «ласкуша» — так могли назвать долгожданного или особенно любимого ребёнка.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Боженкин сын, то есть «сын Боженки». Это типичная модель русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчество на -ин закреплялось за потомками. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на -а/-я. В данном случае основа женского рода (Боженка), что нередко говорит о том, что прозвище или имя давалось по материнской линии или по женскому имени в роду.

Географически фамилия Боженкина (и Боженкин) встречается в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Курской и Рязанской областях. Это зона бытования говоров, где уменьшительные имена на -ка были особенно распространены. Встречается и украинский вариант — Боженко, но русская форма с суффиксом -ин указывает на северную или восточную часть исторической Руси.

Интересная деталь: фамилия Боженкин не связана с фамилиями Божевский или Божков, которые имеют другую морфологию. Первая — польско-шляхетская, вторая — от прозвища «Божок». Боженкин стоит в ряду с фамилиями типа Миленкин, Любенкин, Даренкин — все они образованы от неканонических, но живых домашних имён, которые в повседневной речи заменяли полные крестильные. Таким образом, предок носительницы фамилии был не священником и не богомольцем, а скорее всего, крестьянином или ремесленником, которого в семье называли ласково — Боженка.