Фамилия Боженков — одна из тех, чья основа уходит в древнерусские прозвища, связанные с религиозным мировоззрением. В её основе лежит прозвище Боженок, которое могло возникнуть двумя разными путями. Первый и самый прямой: так называли глубоко верующего мирянина, жившего строго по заповедям. Второй вариант — от слова «божок»: ироничное или даже осуждающее прозвище для человека, который не чтил Христа или поклонялся чему-то иному. Оба значения сосуществовали, и сегодня уже невозможно точно сказать, какое из них легло в основу конкретной фамильной ветви.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ов (в форме -ков) указывает на принадлежность — «сын Боженка». Это типичная патронимическая фамилия, каких большинство в русском ономастиконе. Интересно, что форма Боженков сохраняет полногласную основу, в отличие от более кратких вариантов вроде Божков.

Географические следы фамилии ведут прежде всего в Псковскую область. В Книге памяти Псковской области зафиксированы сразу два носителя: портной Александр Петрович Боженков (1895 г. р., Псков) и Борис Петрович Боженков (1862 г. р., деревня Пустошка Себежского района). Эти записи показывают, что к XIX–XX векам фамилия прочно осела на северо-западе России. Встречается она и в Сибири: в Книге памяти Омской области упомянут милиционер Иван Игнатьевич Боженков. Вероятно, это следствие переселенческих волн конца XIX — начала XX века.

Среди однокоренных фамилий — Боженко (украинский вариант с суффиксом -енко), Божков, Божин. Все они образованы от той же основы «бож-», но разными суффиксами, что указывает на разные регионы и эпохи складывания фамилий. Боженков, с его суффиксом -ов, — типично великорусская форма, закрепившаяся в северных и центральных губерниях.