Фамилия Боженковы образована от прозвища или имени Боженок. В основе лежит слово «бог» или «божий», и это сразу задаёт два возможных, почти противоположных, смысла. Первый и самый прямой: прозвище Боженок могли дать человеку глубоко верующему, набожному, живущему по заповедям. Второй вариант — прозвище с ироничным оттенком, от слова «божок»: так могли назвать человека самоуверенного, важного или, наоборот, неверующего, который «сам себе бог». Обе версии имеют право на существование, и без точных записей о первом носителе выбрать одну сложно.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Боженок, указав на принадлежность — «сын Боженка» или «из семьи Боженка». Фамилия закрепилась в форме Боженков, а не Боженкин, что говорит о её происхождении от прозвища на -ок, а не от имени на -а.

Среди географических следов фамилии — Псковская область. В Памятных книгах встречаются несколько человек: портной Боженков Александр Петрович 1895 года рождения из Пскова и Боженков Борис Петрович 1862 года рождения из деревни Пустошка Себежского района. Также есть запись в Книге памяти Омской области о милиционере Боженкове Иване Игнатьевиче. Эти разрозненные данные указывают на северо-западный след фамилии, хотя позже носители разошлись по стране.

Говорить о точном времени возникновения фамилии Боженковы сложно: процесс формирования русских фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий, и окончательные выводы требуют серьёзных генеалогических изысканий по конкретной ветви. Однако сама фамилия — живой след народной культуры, где через прозвище передавали и уважение к вере, и бытовую наблюдательность.