Фамилия Боженкова — женская форма фамилии Боженков, а та, в свою очередь, образована от прозвища Боженок. Это прозвище — уменьшительно-ласкательная форма от слова «Божий». В русской ономастике такой суффикс (-енок) часто указывал на молодого человека или ученика, но здесь он скорее смягчал основу, делая прозвище бытовым, а не громким. Скорее всего, Боженком называли особенно глубоко верующего мирянина, жившего строго по Божьим законам, либо человека, отличавшегося кротостью и праведностью в глазах окружающих.

По модели образования фамилия Боженков принадлежит к типичному патрониму: суффикс -ов присоединялся к прозвищу отца, чтобы обозначить его сына или внука. Таким образом, потомок человека с прозвищем Боженок со временем получил фамилию Боженков, а его дочь или жена — Боженкова. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне, или на -их/-ых, характерных для северных регионов, фамилии на -ов распространены повсеместно, но особенно плотно — в центральных и южных областях России.

Интересная деталь: фамилия Боженкова может иметь и другой корень — от канонического имени Богдан (в переводе «данный Богом»). В разговорной речи Богдан сокращали до Божен, и уже от этой формы образовывали прозвище Боженок. Эта версия менее вероятна, но возможна, если в роду сохранились предания о предке Богдане. Первая гипотеза — о прозвище от слова «Божий» — выглядит правдоподобнее, потому что она прямее и не требует дополнительных переосмыслений.

Фамилия встречается в архивных документах XIX века по Курской и Воронежской губерниям, что подтверждает её южнорусские корни. В списках однодворцев и государственных крестьян этих регионов Боженковы упоминаются как люди, чьи предки несли сторожевую службу на южных рубежах. Так что за фамилией стоит не только религиозный подтекст, но и конкретный социальный слой — служилые люди по прибору.