Фамилия Брагена — редкий случай, когда написание сразу выдаёт нерусское происхождение. В русской ономастике почти нет фамилий на -ена, если это не вариант украинской модели -енко. Брагена — это фамилия, которая пришла в Россию, скорее всего, из немецкой или скандинавской среды, либо была искусственно изменена при записи.

Словообразовательный разбор показывает, что основа Браген- (Bragen) — это либо фамилия, либо топоним, либо прозвище. В германских языках «Brage» — это имя древнескандинавского бога поэзии и красноречия, а «Bragen» может быть производным от него. Вторая версия: фамилия могла возникнуть от немецкого «bragen» — устаревшего диалектного слова, означающего «шуметь», «кричать», или от нижненемецкого «Brage» — «хвастун». В таком случае предок получил прозвище за громкий голос или хвастливый характер.

География фамилии в России очень узкая. Брагены встречаются в основном на юге страны, в Краснодарском крае и Ростовской области, что намекает на переселение немецких колонистов в XVIII–XIX веках. В списках российских дворян или купцов эта фамилия не значится — скорее всего, предки были крестьянами или ремесленниками, которые обрусели, но сохранили исходное написание.

Интересная деталь: окончание -ена в русском восприятии могло осмыслиться как женский вариант (типа «Брагина», но с заменой «и» на «е»). Однако в данном случае это устойчивая форма мужской фамилии. Если бы фамилия славянизировалась, она превратилась бы в Брагин или Брагенов, но этого не произошло — Брагена осталась как есть, что делает её своеобразным маркером немецких корней.