Фамилия Братникова — женская форма фамилии Братников. Её основа — слово «братник», и здесь кроется главная загадка: что именно оно означало в старину? Самый прямой путь — от слова «брат»: братником могли называть брата, двоюродного или сводного родственника, а в некоторых говорах — побратима, то есть человека, с которым заключили союз не по крови, а по клятве. Но есть и другая, более редкая версия: в южных и западных регионах России «братником» именовали монаха или послушника (от «братия»). Если так, предок мог быть не мирянином, а человеком, связанным с монастырской жизнью, — например, выходцем из послушников, который потом вернулся в мир и оставил фамилию.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён: он указывает на принадлежность («чей?» — сын Братника). В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, здесь форма на -ов говорит о том, что прозвище Братник было мужским и склонялось как существительное второго склонения.

Географически фамилия Братников (и Братникова) встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и южным областям России: есть записи в Тульской, Рязанской, Воронежской губерниях. Встречается она и у староверов, что косвенно поддерживает версию о связи с монашеской средой — старообрядческие общины часто использовали такие прозвища.

Однокоренные фамилии — Братов, Братищев, Братков — различаются суффиксами и оттенками значения. Братников стоит особняком: если Братов могло означать просто «сын брата», то Братников — это скорее «сын того, кого прозвали братником», то есть прозвище было закреплено за конкретным человеком с особым статусом или поведением. Спор между «родственной» и «монашеской» версиями не решён окончательно, но первая выглядит более вероятной для большинства регионов: прозвища по родству давали часто, а монахов в миру прозывали реже.