Фамилия Брундакова — женская форма фамилии Брундаков, и её происхождение стоит рассматривать через мужской вариант. Сразу бросается в глаза необычная основа «брунд-»: она редка для русских фамилий и явно не относится к распространённым именам или профессиям. Скорее всего, в её основе лежит прозвище или диалектное слово.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с глаголом «брундеть» или «брундить», который в ряде русских говоров (особенно северных и сибирских) означал «ворчать», «брюзжать», «говорить невнятно или сердито». Человека с таким прозвищем — Брунда — могли так назвать за характер: ворчливого, постоянно недовольного или бормочущего себе под нос. Суффикс -ов в фамилии Брундаков указывает на принадлежность: «сын Брунды» или «из рода Брунды». Таким образом, предок носительницы фамилии, скорее всего, был человеком с заметной манерой речи или поведения.

Есть и менее очевидная версия, которую приводят ономасты, работавшие с тюркскими заимствованиями. В некоторых тюркских языках «брун» или «бурун» означает «нос», а «дак» — суффикс со значением обладания. В таком случае Брундак могло быть прозвищем, данным человеку с крупным или необычным носом. Однако эта гипотеза слабее: фамилия не характерна для регионов с сильным тюркским влиянием, а сама форма «Брундаков» встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, где диалектное «брундеть» более распространено.

Географически фамилия Брундакова — редкая. Её носители чаще всего фиксируются в Вологодской, Костромской и Кировской областях, что подтверждает связь с северорусскими говорами. Суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что прозвище Брунда было мужским и оканчивалось на согласный (а не на -а, как женские имена). Это стандартная модель для фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а: Брунда → Брундаков.

В написании фамилии возможна путаница с похожими, но не родственными фамилиями: Брундуков или Брундуков. Однако форма Брундакова устойчиво сохраняет корневое «а», что отличает её от вариантов с другим ударением или огласовкой. Никаких дворянских корней или известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия крестьянского или мещанского происхождения, что типично для прозвищных основ.