Фамилия Брундуков — редкая и неочевидная. На первый взгляд в ней слышится что-то иноязычное, но на деле это исконно русская фамилия, образованная по простой и ясной модели: от прозвища (или имени) Брундук + патронимический суффикс -ов, то есть «сын Брундука». Вопрос упирается в то, что такое «брундук».

Самая правдоподобная версия ведёт к диалектному слову «брундыкать» или «брундучать» — в южнорусских и рязанских говорах так говорят про ворчание, бормотание, невнятную речь. «Брундук» — человек, который постоянно что-то бурчит под нос, ворчун, недовольный. Прозвище, данное по характеру, — обычное дело для русской ономастики XVI–XVII веков. Сравните с фамилиями Бурчаков, Ворчунов — все они одного поля ягоды.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований. В некоторых говорах «брундук» могли называть замухрышку, неопрятного человека (от «брунды» — грязь, нечистоты). Однако связь с голландским или немецким корнем «брун» (коричневый) — натяжка: для прозвища «коричневый» в русском языке есть «Рыжов», «Буров». Искусственное притягивание западных корней здесь излишне, когда есть живой русский диалект.

Географически фамилия Брундуков тяготеет к югу России и Поволжью. В дореволюционных метрических книгах она встречается в Тамбовской, Воронежской и Саратовской губерниях. Это зона, где «брундучать» было обычным словом. Носители фамилии — скорее всего, крестьяне или однодворцы, получившие фамилию по уличному прозвищу отца или деда.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа Брундук- (корень «брунд-», суффикс -ук, указывающий на лицо) и типичный русский суффикс принадлежности -ов. Ударение, судя по произносительной норме, падает на второй слог: Брундуко́в. Встречающиеся варианты Брундуко́ва (женская форма) и ошибочное ударение на «у» — результат позднейшего смещения.

Итог: Брундуков — фамилия не иностранная, а коренная русская, образованная от прозвища ворчливого или недовольного человека. Предки её носителей жили на юге России и ничем, кроме говора, не отличались от соседей с фамилиями Брюханов, Бурнаев или Бурков.