Фамилия Брунько, как и многие украинские и южнорусские фамилии на -ко, восходит к прозвищу Брунь. Суффикс -ко в данном случае — типичный для украинской ономастики показатель родства или принадлежности: Брунько — «сын или потомок Бруня». Само же прозвище Брунь имеет несколько версий происхождения, и ни одна из них не выглядит натянутой.

Самая интересная версия связывает Бруня с диалектным словом «брунька». В новороссийских говорах так называли балалайку. Если принять эту версию, прозвище могло достаться либо музыканту-балалаечнику, либо мастеру, делавшему инструменты. Это делает фамилию редким примером «профессионального» прозвища, связанного с народной музыкой, а не с обычным ремеслом.

Вторая версия отталкивается от глагола «брунчать» — звенеть, жужжать, бренчать. Здесь прозвище могло характеризовать человека с громким, зычным голосом или того, кто постоянно что-то напевал. Логика простая: как в русских говорах «бренчать» дало прозвище Бренч, так и «брунчать» — Брунь.

Третья гипотеза уводит в украинскую ботанику: «брунька» — это почка, зачаток побега. В этом случае прозвище могло быть ироничным — так называли молодого, неопытного парня («ещё зелёного»), либо, наоборот, относилось к садоводу, знатоку растений. Но эта версия менее вероятна: прозвища от названий частей растений в восточнославянской традиции редки, а вот прозвища по характеру или занятию — обычное дело.

Известных носителей фамилии Брунько в открытых источниках немного, что говорит о её относительной редкости. Географически она тяготеет к Украине и югу России — как раз к зоне распространения украинской модели фамилий на -ко и диалектного слова «брунька».