Фамилия Бударкин образована по классической для русского севера модели — от прозвища с суффиксом -а (-я) и последующим притяжательным суффиксом -ин. Исходное прозвище — Бударка. Именно такую форму фиксируют говоры Архангельской, Вологодской и Вятской областей. Бударкой называли небольшое промысловое судно — парусно-гребную лодку, распространённую на севере и в Сибири. Так что основа фамилии не личное имя, а предметное прозвище.

Слово «бударка» (или «будара») восходит к тюркским языкам, где «будай» означало лодку-однодеревку. В русском языке слово прижилось именно как обозначение лодки для рыбной ловли и перевозки грузов. Человек, получивший прозвище Бударка, скорее всего, был лодочником, рыбаком или владельцем такого судна. Прозвища по типу «лодка», «челнок» нередко давали людям, чья жизнь была связана с водой: перевозчикам, рыбакам, речникам.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Бударкин, то есть сын или потомок Бударки. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я, и встречается повсеместно, но особенно часто на Русском Севере. Фамилия Бударкин могла появиться в поморских сёлах или в вятских деревнях, где промысловая лодка была частью хозяйства.

Встречается и более редкая версия — от диалектного глагола «бударить» (стучать, греметь), но она слабо подтверждена. Гораздо логичнее связывать фамилию с конкретным предметом, тем более что «бударка» как слово широко документировано в словарях русских говоров. Однокоренные фамилии — Бударин, Бударов — тоже тяготеют к северным и сибирским регионам.

Таким образом, предок современных Бударкиных с большой вероятностью жил на реке или море, промышлял ловлей рыбы или перевозками на бударке. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается её прозвищным происхождением и отсутствием в списках столбового дворянства.