Фамилия Будер — редкая в русской среде, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она не славянская, а западная, попавшая в Россию через переселенцев или через прибалтийские и немецкие земли. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Будер не имеет патронимического суффикса, что сразу указывает на иную модель образования: её принесли в готовом виде.

Самая вероятная версия связывает фамилию с немецким словом «Buder» — так в некоторых диалектах называли крестьянина, арендатора или мелкого землевладельца. В основе лежит средневерхненемецкое «buoder» (родственное современному «Bauer» — крестьянин). В этом случае фамилия указывала на социальный статус предка: он был не батраком, а самостоятельным хозяином на арендованной земле. Такие фамилии часто встречаются у немцев Поволжья, меннонитов и прибалтийских немцев, переселявшихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках.

Другая, менее распространённая версия — еврейское происхождение. В идише есть слово «בודער» (buder), означающее «посыльный» или «вестник». Фамилия могла возникнуть как профессиональное прозвище. Однако эта гипотеза слабее: в ашкеназской ономастике фамилии такого типа обычно оформлялись суффиксами -ман, -зон или -ович, а Будер стоит особняком.

В России фамилия встречается крайне редко, преимущественно в западных регионах — в Калининградской, Ленинградской областях, а также в Сибири, куда ссылали немецких колонистов. По данным переписей, Будеры могли быть потомками ремесленников или сельских хозяев, а не дворян или купцов — в родословные книги эта фамилия не попала.

Интересно, что в чешском языке «buder» — устаревшее название строителя (от «budovat» — строить). Если предок был выходцем из Чехии или Словакии, фамилия могла означать «строитель» или «каменщик». Но эта версия ещё более спорная: массовой миграции чехов в Россию не было, а единичные случаи не объясняют появления фамилии.