Фамилия Будигина — женская форма фамилии Будигин, и её разбор стоит начать с суффикса. В русских фамилиях суффикс -ин типичен для основ, оканчивающихся на -а или -я: он указывает на принадлежность («чей?» — Будигин, то есть сын или потомок Будиги). Мужская форма Будигин образована от прозвища или имени Будига.

Корень буд- в русском языке имеет два основных значения. Первое — глагол «будить», то есть пробуждать, не давать спать. Второе — диалектное слово «буда» (или «будка»), которое в разных говорах обозначало строение, временное жильё, а в южнорусских областях — постройку для выварки соли или смолокурню. Соответственно, прозвище Будига могло получить либо человек, который всех будил (например, встававший раньше всех или громкий, беспокойный), либо тот, кто жил или работал в «буде» — при постройке, на промысле.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с некалендарным именем Будило. В древнерусских именах встречалось имя Будило (от «будить»), и Будига могло быть его уменьшительной или производной формой. В таком случае фамилия восходит напрямую к личному имени, а не к прозвищу.

Географически фамилия Будигин встречается рассеянно, но чаще фиксируется в центральных и северных областях России, а также на Урале. Это не редкая, но и не массовая фамилия; её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища часто отражали характер или занятие.

В ономастических справочниках фамилия не получила обширного анализа, но её словообразовательная модель прозрачна: основа Будиг- плюс притяжательный суффикс -ин. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Будилов, Будилкин, Будников), то Будигин стоит особняком из-за суффикса -иг-, который в прозвищах может придавать фамилии оттенок просторечной или диалектной формы.