Фамилия Будняев образована от прозвища или имени Будняй. В её основе лежит слово «будний» — то есть относящийся к будням, рабочим дням. Такое прозвище мог получить крестьянин, который работал не покладая рук в будние дни, или, напротив, человек, родившийся в будний день. В русской ономастике есть целая группа фамилий, образованных от названий дней недели: Субботин, Воскресенский, Пятницкий. Будняев стоит в этом ряду, но встречается реже.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»). Будняев — буквально «сын Будняя» или «человек из рода Будняя». Исходное имя Будняй могло быть как прозвищным, так и охранительным: в дохристианской традиции ребёнка иногда нарекали по дню появления на свет, чтобы уберечь от злых сил. Если верить этой версии, Будняй — тот, кто родился в будний день, а не в праздник.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также в Поволжье. Встречаются и варианты написания — Будняев и Буднеев, хотя второй менее распространён. В некоторых говорах «будняй» могло означать «будничный человек», то есть простой, непритязательный, без праздности. Но это лишь дополнительная гипотеза, не подтверждённая словарями.

Из известных носителей можно назвать разве что локальных деятелей — например, Будняев Александр Иванович, участник Великой Отечественной войны, чьи данные есть в Книге Памяти. Но в целом фамилия не получила широкой известности, оставаясь в разряде редких.

Таким образом, Будняев — фамилия с прозрачной этимологией, связанной с будничной стороной жизни. Она не несёт в себе ни дворянского лоска, ни татарского или иного иноязычного следа. Это чисто русская крестьянская фамилия, в которой слышится повседневность и трудовой уклад предков.