Фамилия Будняя звучит на слух как прилагательное женского рода, но по происхождению она — краткое причастие или прилагательное, застывшее в форме женского рода. В русской ономастике это редкий случай. Обычно фамилии на -ий/-яя давались по принципу прозвища: Будняя — та, что относится к «будням», то есть к повседневности, к работе, а не к празднику. Скорее всего, так прозвали женщину, которая была занята хозяйством, не имела выходных, или, наоборот, ту, что пренебрегала нарядами и гуляньями, «все в буднях». В говорах слово «будний» означало «обыденный, простой, не праздничный».

По модели образования фамилия Будняя стоит в одном ряду с такими редкими формами, как Воскресенская (от Воскресенье) или Рождественская, но без церковного суффикса -ск-. Здесь прямая связь с бытовым, мирским понятием. В старину прозвище Будний мог получить человек, родившийся в будний день, или тот, кто работал в будни, не покладая рук. Однако фамилия закрепилась именно в женском роде — это указывает на то, что в основе лежит не отчество, а прозвище матери или жены, которое затем перешло к детям.

Географически фамилия Будняя встречается на юге России и в Украине, особенно в казачьих областях. Там была распространена традиция давать фамилии по бытовым признакам: Будный, Буденко, Будяк. Форма на -яя могла возникнуть в среде, где фамилии еще не устоялись, и женщину называли по ее мужу или по ее собственному прозвищу. Например, в переписных книгах XVII века встречаются записи вроде «вдова Будняя» — то есть женщина, чей муж носил прозвище Будный.

С точки зрения сословной принадлежности, фамилия Будняя почти наверняка крестьянская или казачья. Дворянские фамилии редко образовывались от таких простых, «неблагородных» корней. Если предки носили эту фамилию, они, скорее всего, были земледельцами или ремесленниками, чья жизнь проходила в будничных трудах.

Интересно, что в современном русском языке фамилия Будняя сохраняет ударение на первом слоге: Бу́дняя. Это отличает ее от возможного ошибочного прочтения как «будня́я» (по аналогии с «пустя́чная»). Такая фиксация ударения — еще одно доказательство, что в основе лежит именно краткое прилагательное «будня» (устар. «будняя»), а не полное.