Фамилия Будовских — яркий пример северорусской модели фамилий на -их/-ых. В центральных и южных областях России преобладали фамилии на -ов/-ев и -ин, а на Русском Севере (Архангельская, Вологодская, Вятская губернии) и в Сибири, куда переселялись северяне, закрепилась форма родительного падежа множественного числа: «из дома Будовских». Такая фамилия отвечала на вопрос «чьи вы будете?» и указывала на принадлежность целому роду, а не одному человеку.

Основа фамилии — Будовск(ой). Скорее всего, это прозвище или топоним. В говорах слово «будовать» означало «строить, возводить». Будовским могли прозвать плотника, строителя или человека, занимавшегося возведением домов и хозяйственных построек. Возможен и вариант происхождения от названия населённого пункта вроде Будово или Будовск — такие топонимы встречаются в центральной России и на северо-западе. Тогда фамилия указывала бы на выходца из этих мест.

Менее вероятна, но не исключена связь с личным именем Буд (сокращение от Будмир, Будислав) — в древнерусских именах корень «буд-» означал «будить, пробуждать». Однако в русской антропонимике такие имена встречаются реже, чем прозвища по профессии.

Встречается фамилия и в форме Будовский — это вариант без окончания -их, характерный для украинской или польской традиции (суффикс -овск- типичен для шляхетских фамилий). Но именно Будовских с окончанием -их — однозначный маркер северорусского происхождения. Носители этой фамилии — потомки крестьян или ремесленников из Архангельской, Вологодской или Кировской областей, где строительное дело было одним из основных занятий.