Фамилия Будукова — женская форма фамилии Будуков, довольно редкая и неоднозначная по происхождению. Её основа — «будук» — может восходить к разным источникам, и без учёта регионального контекста определить верный сложно.

Первая и самая прямая версия — прозвище от тюркского слова «будук» (или «будуг») — «ветка», «сук», «отросток». В тюркских языках так могли назвать человека за внешность (длинный, худой, сутулый) или за характер (упрямый, «корявый»). Фамилии с таким корнем встречаются у народов Поволжья, Северного Кавказа и в среде донских казаков, где тюркские влияния были сильны. В этом случае Будуков — типичная «географическая» фамилия, указывающая на зону контакта славянских и тюркских культур.

Вторая версия — от глагола «будить» или существительного «будка». Но здесь есть лингвистическая трудность: в славянских говорах «будуком» называли не сторожа, а скорее шумного, беспокойного человека или ребёнка, который всех будит. Форма «Будуков» вместо ожидаемого «Будиков» могла закрепиться из-за акающего произношения (в южнорусских говорах «буду́к» вместо «буди́к»). Однако эта версия менее вероятна, так как суффикс -уков редко образуется от славянских глагольных основ.

Третья, более экзотическая гипотеза — связь с кавказским именем Буду́к (вариант имени Буду́г), распространённым у лезгинских народов. В этом случае фамилия указывает на этническое происхождение предка-мужчины.

С точки зрения словообразования фамилия проста: суффикс -ов/-ев (в женской форме -ова) присоединён к основе «Будук». Она недворянская, скорее всего, крестьянская или казачья. В дореволюционных источниках фамилия почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении (не ранее XVIII века) и локальном бытовании — скорее всего, в южных губерниях России или на Северном Кавказе. Носительница фамилии Будукова, решившая узнать её историю, может с равной вероятностью обнаружить в родне донского казака, астраханского татарина или горца-лезгина.