Фамилия Буковцов образована по довольно редкой для русского ономастикона модели — с помощью суффикса -ов, присоединённого к основе, оканчивающейся на -ц. В русском языке фамилии на -цов обычно возникали от прозвищ или имён, которые уже имели окончание -ец: Кузнецов (от кузнец), Певцов (от певец), Стрельцов (от стрелец). Буковцов, скорее всего, восходит к прозвищу Буковец, то есть «человек, связанный с буком». Бук — дерево, распространённое на западе и юго-западе России, в Карпатах и на Кавказе.

Прозвище Буковец могло указывать на место жительства: «живущий у буковой рощи» или выходец из местности, богатой буком. В говорах так могли называть и человека, занимавшегося заготовкой или обработкой буковой древесины — плотника, бондаря, столяра, работавшего с твёрдой и ценной породой. Не исключён и вариант, что прозвище дали по схожести с деревом: высокий, крепкий или, наоборот, коренастый человек.

Географически фамилия Буковцов тяготеет к южным и западным регионам России. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани. В этих краях бук действительно растёт, и прозвища от названий деревьев были обычны. Редкость фамилии объясняется именно региональной привязкой: вне зоны распространения бука прозвище было бы непонятным.

В некоторых случаях возможно иное происхождение — от имени собственного Бука или Букан (уменьшительное от Будимир, Будислав), но тогда фамилия выглядела бы как Буков или Буканов. Форма с суффиксом -ец и последующим -ов твёрдо указывает на прозвище, а не на крестильное имя. Так что версия с деревом — основная и наиболее правдоподобная.