Фамилия Булгачева — женская форма от Булгачев, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Формант -ев указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, оканчивающихся на мягкий согласный (в данном случае на «ч»). Если бы основа заканчивалась на твёрдый согласный, мы бы видели суффикс -ов. Это тонкость, но именно она помогает отличить фамилию от, скажем, «Булгакова» — они родственны, но не тождественны.

Корень фамилии — булгач. Здесь есть две конкурирующие версии происхождения, и обе имеют право на существование. Первая, самая распространённая в ономастике (её придерживался, в частности, Б. Унбегаун), возводит основу к тюркскому слову «булга» — «беспорядок, смута, тревога». В тюркских языках «булгак» или «булгач» означало «смутьян», «возмутитель спокойствия». В русских говорах это слово прижилось в значении «беспокойный человек», «скандалист». Таким образом, первый Булгач — человек с неспокойным нравом, которого за глаза прозвали «булгачом». Его потомки стали Булгачевыми.

Вторая версия, менее вероятная, но всё же встречающаяся, связывает фамилию с древним славянским именем Булгак. Это имя могло быть производным от глагола «булгачить» — «шуметь, возиться». В этом случае прозвище могло закрепиться за ребёнком, которого в семье называли Булгаком за его подвижность. Однако в пользу первой версии говорит то, что фамилия Булгачев (и её варианты Булгаков, Булгарин) исторически фиксируется в южнорусских и поволжских землях — регионах активного контакта с тюркским населением.

Географически фамилия Булгачева (и Булгачев) не была массовой, но встречается в документах по Рязанской, Тамбовской и Саратовской губерниям. Это косвенно подтверждает тюркский след: именно через эти земли проходили торговые пути и зоны смешанного расселения. В сословном отношении носители фамилии в XIX веке чаще всего были государственными крестьянами или мещанами, реже — однодворцами.

Любопытная деталь, которая отличает эту фамилию от десятка похожих: в старых метрических книгах можно встретить написание через «о» — «Булгачов». Это не ошибка, а диалектная или канцелярская особенность произношения: в некоторых говорах «ч» смягчал предыдущий гласный, и на письме это отражали как «чо». Однако в современной орфографии закрепился вариант через «е» — Булгачев / Булгачева.