Фамилия Буньковы (в мужском варианте Буньков) образована от личного прозвища и принадлежит к распространённому типу русских семейных именований. Основа фамилии — прозвище Бунек. О его происхождении есть несколько версий, и все они ведут к разным занятиям или чертам характера предка.

По одной из них, прозвище связано с украинским словом «бунька» — кувшин с узким горлом. Если это так, то прозвище было профессиональным: основатель рода мог быть гончаром, стеклодувом или торговцем посудой. Такие именования по ремеслу — частый случай в русских фамилиях, хотя здесь основа не русская, а украинская, что указывает на возможные южные корни или миграцию носителей.

Другая версия отталкивается от диалектного глагола «бунить» — гудеть, мычать, реветь. В этом случае Бунек — прозвище человека с громким голосом, вспыльчивого или, наоборот, того, кто говорил невнятно, «мычал». Такие прозвища по поведению или речи тоже типичны для восточнославянской антропонимии.

Третья гипотеза выводит прозвище из украинского «буняк» — шмель. Здесь срабатывает древняя народная логика: давая ребёнку «животное» прозвище, родители как бы отдавали его под защиту природы, желая передать ему качества этого существа — трудолюбие или хозяйственность. Впрочем, эта версия менее надёжна: прозвища от названий насекомых в русской традиции редки и чаще имеют ироничный оттенок.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Бунек- добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бунька). Форма Буньковы — это множественное число, обозначающее весь род. Интересно, что в основе произошёл переход конечного «к» в «кь» перед суффиксом (Бунек → Буньк-ов), что характерно для русского языка при смягчении согласного.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно — процесс формирования фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий. Однако по суффиксу и диалектной основе можно предположить, что фамилия сложилась не ранее XVII века и бытовала в южнорусских или украинских землях, откуда потом распространилась шире.