Фамилия Бурдучкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ин от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. В данном случае основа — Бурдучка. Это уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма от слова «бурда». В словаре Владимира Даля «бурда» — это мутный, дурной напиток, либо вообще жидкая и невкусная еда, болтушка. Прозвище Бурда могли дать человеку, который постоянно готовил или пил что-то подобное, либо тому, кто говорил сбивчиво, «мутно» и непонятно, как болтушка. Суффикс -к- в прозвище Бурдучка смягчает ироничный или укоризненный оттенок, делая его более бытовым: не просто Бурда, а Бурдучка — «этакий любитель бурды».

Интересно, что фамилия редкая и имеет чёткую региональную привязку. По данным современных исследований, основная масса носителей сосредоточена в Воронежской и Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это южнорусский ареал, где диалектное слово «бурда» было особенно употребительно. В северных и центральных губерниях чаще использовали аналогичные прозвища от слова «баланда» — тюремная похлёбка или плохая еда. Таким образом, Бурдучкин — это фамилия-прозвище, возникшая в среде крестьян или однодворцев Черноземья, где прозвища цеплялись к человеку за его привычки или внешний вид.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с более известными Бурдаковым и Бурдиным, но отличается от них уменьшительным суффиксом. Бурдаков — от «бурдак» (человек, варящий бурду), Бурдин — от «бурда» напрямую, а Бурдучкин — от ласкательной формы. Встречается также вариант написания с двумя «ч» — Бурдучкин, что не меняет сути, а лишь отражает особенности произношения в некоторых говорах. Сословных ограничений фамилия не имела: это типичная крестьянская фамилия, которая могла закрепиться за одним родом в середине XIX века, когда прозвище окончательно перешло в наследственное имя.