Фамилия Бурдунина — женская форма, а её мужской вариант — Бурдунин. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Бурдуна. Чтобы понять его значение, нужно разобраться с корнем «бурд-», который в русских говорах имел несколько значений. Самое вероятное — от слова «бурда»: так называли мутный напиток, плохое пойло, а в переносном смысле — нечто невзрачное или бестолковое. В некоторых диалектах «бурдой» называли и грязь, слякоть. Соответственно, Бурдуной могли прозвать неопрятного человека, любителя выпить, а может, и просто насмешливо — того, кто постоянно «варит бурду», то есть делает что-то несуразное.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Бурдунин — это «сын Бурдуны». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я. Интересно, что фамилия встречается в основном в центральных и северных регионах России — в Вологодской, Кировской, Архангельской областях. Это косвенно подтверждает диалектное происхождение корня: именно в северных говорах слово «бурда» было особенно употребительно.

Встречается и более редкая версия: связь с тюркским словом «бурду» — «был», «существовал». Но она маловероятна для русской фамилии без дополнительных исторических свидетельств. Скорее всего, предки современных Бурдуниных получили своё прозвище в крестьянской или посадской среде, где меткие и не всегда лестные уличные клички были обычным делом. Со временем прозвище забылось, а фамилия осталась, закрепив за родом память о далёком предке — возможно, не самом аккуратном, но точно запомнившемся односельчанам.