Фамилия Бутахина — женская форма фамилии Бутахин, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Бутахин, то есть потомок человека по прозвищу Бутаха. Именно в этом прозвище — ключ к разгадке.

Корень «бут-» в русских говорах многозначен. Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «бута» или «бутый» — так в некоторых областях называли толстого, неуклюжего человека, а также бочку или кадку. Прозвище Бутаха могли дать полному, грузному мужчине. Менее распространённое, но возможное значение — «бута» как название рыбацкой снасти или лодки-долблёнки (в северных говорах). В таком случае прозвище получал рыбак или лодочник.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: основа на -а или -я плюс суффикс -хин/-хин. Суффикс -ах(а) в прозвищах (Бутаха, Гуляха, Верстаха) часто придавал оттенок просторечия, фамильярности или указывал на физическую особенность. Фамилия Бутахин — «сын Бутахи», и её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из северных или центральных губерний России, где такие прозвища были в ходу.

Географически фамилия встречается нечасто, но имеет заметные очаги в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — это регионы, где сохранились древние диалекты с корнем «бут-». Встречаются и варианты написания: Бутакин (с иной суффиксацией) или Бутахин с ударением на второй слог, что иногда путают с фамилией от имени Бута (сокращённое от Будимир или Буян). Однако именно форма Бутаха — с характерным суффиксом — надёжно указывает на прозвищное, а не календарное происхождение.

Спорной можно считать версию о связи с тюркским словом «бутак» (ветка). Для фамилии Бутахин она слаба: суффикс -ин в такой модели требовал бы тюркского имени Бутак, но в русской среде это маловероятно. Куда естественнее объяснение через русскую диалектную лексику, где «бутый» означало «надутый, толстый». Таким образом, предок современных Бутахиных, скорее всего, получил прозвище за дородность или за занятие, связанное с бочками и лодками — в зависимости от местности.