Фамилия Данейко образована от мужского крестильного имени Даниил, которое в переводе с древнееврейского означает «мой судья — бог». Это одна из тех фамилий, где исходное имя дало жизнь не традиционным русским суффиксам -ов или -ин, а уменьшительно-ласкательной форме с украинско-белорусским суффиксом -ейко. Такая модель словообразования характерна для западных земель: в старобелорусском и староукраинском языке суффикс -ейко придавал имени оттенок ласкательности или принадлежности к младшему поколению, а позже закрепился как фамильный — без дополнительного притяжательного окончания.

Изначально Данейко — это не полное имя, а его обиходная форма, вроде Даня или Данько. В документах XVI–XVII веков на территории Великого княжества Литовского встречаются записи вроде «Данейко Иванович», где прозвище ещё не стало фамилией, а указывало на сына или слугу Данея. Со временем окончание перестало меняться по падежам, и форма застыла как наследственная фамилия.

Географически фамилия тяготеет к западу: чаще всего её носители встречаются в Беларуси, а также в западных областях Украины и на юго-западе России. В польской ономастике есть близкая фамилия Danejko, что подтверждает общую славянскую основу. В словаре Бориса Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ейко описывается как типичная для украинских и белорусских фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имён.

Иногда Данейко путают с фамилией Данилко, но разница в суффиксе принципиальна: -ейко указывает на более раннюю, диалектную форму, а -илко — на более позднюю литературную. Первая версия звучит архаичнее и локальнее.

В дореволюционных списках фамилия встречается преимущественно среди крестьян и мещан западных губерний — Минской, Гродненской, Витебской. Сведений о дворянских родах с этой фамилией нет, хотя отдельные носители могли попадать в шляхту благодаря заслугам или браку.