Фамилия Данкир — редкая для России, её корни уходят в немецкую или нидерландскую языковую среду. Надёжной версии происхождения две, и обе указывают скорее на прозвище, чем на географию.

Первая и самая вероятная: фамилия образована от немецкого слова Dank — «благодарность». В таком случае прозвище Данк (или Данке) могли дать человеку признательному, услужливому либо, напротив, тому, кто постоянно требовал благодарности. Суффикс -ир в русской передаче встречается редко и, скорее всего, появился при адаптации немецкой фамилии на славянской почве — как вариант, от формы Dankert или Dancker, где конечное -er превратилось в привычное -ир.

Вторая версия, хоть и менее убедительная, отсылает к слову Denker — «мыслитель». Здесь уже не суффикс, а оглушение и редукция гласного: Denker → Denkir → Данкир. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилии от названий занятий или качеств (Denker — тот, кто размышляет) типичны для немецкой ономастики. Однако переход e → a в корне встречается реже, чем устойчивое Dank, поэтому версия с «благодарностью» выглядит надёжнее.

Иногда Данкир связывают с городом Дюнкерк (в старом немецком написании Dunkirchen). Город основан в X веке, а в XX веке стал символом драматичной эвакуации союзных войск в 1940 году. Но фамилия, образованная от топонима, обычно сохраняет более узнаваемую форму — Дюнкерк, Дюнкерке или Данкерк. Вариант Данкир для такого названия слишком далёк фонетически, поэтому топонимическая версия маловероятна.

Фамилия не получила широкого распространения в России. В дореволюционных метрических книгах и переписях она не встречается как массовая — скорее всего, её принесли переселенцы-колонисты из немецких земель или прибалтийские немцы. В современном русском языке она остаётся единичной, что только усиливает интерес к её точному исходному значению.