Фамилия Данковы образована от мужского имени Данко — одной из народных, разговорных форм канонического имени Даниил. На Руси такие сокращённые имена (Данко, Даня, Данша) были обычны в быту, а затем закреплялись в фамилиях с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «чей?» — Данков, то есть сын или потомок Данко. Таким образом, предок носителей этой фамилии, скорее всего, звался в обиходе Данко, а в документах его могли записать полным именем Даниил.

Модель, по которой возникла фамилия, типична для русского ономастикона: от краткого имени через притяжательное прилагательное к фамильному прозванию. Аналогичным образом образованы Даньков, Данилов, Данилин — все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами и степенью народной переработки имени. Фамилия Данковы фиксируется в основном в центральных и южнорусских регионах, хотя точная география её бытования остаётся размытой из-за длительного процесса формирования фамилий в разных слоях населения.

Имя Даниил (в переводе с древнееврейского — «Бог мой судья») было широко распространено среди православных, поэтому его производные формы дали жизнь множеству фамилий. Данковы не принадлежат к числу дворянских или княжеских родов — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где фамилии закрепились позже, чем у знати. О точном времени и месте её появления говорить сложно: фамилии в простонародье начали массово фиксироваться лишь после отмены крепостного права в 1861 году, хотя отдельные случаи встречаются и в более ранних переписных книгах.

Встречается также редкий вариант написания — Данков, без окончания -ы, который указывает на форму в именительном падеже единственного числа. Оба варианта (Данков и Данковы) восходят к одной основе и не меняют этимологии. Фамилия не имеет отношения к топониму Данков (город в Рязанской области) — название города происходит от другого корня, предположительно от гидронима Дон или личного имени Донка.