Фамилия Диякон — редкий случай, когда в основе лежит не фамильное прозвище, а прямое указание на церковный сан. В русской традиции слово «дьякон» (церковнослужитель низшей степени) писалось через «е» или «я», а в украинском и белорусском языках закрепилось «диякон». Фамилия могла возникнуть двумя путями: либо предок действительно был дьяконом, и фамилию дали «по должности» (как Попов или Пономарёв), либо так прозвали человека, который был похож на дьякона — например, носил длинную бороду или имел низкий голос.

Интересно, что фамилия не получила типичного русского суффикса -ов/-ев (как Дьяконов). Это указывает на её позднее оформление или на то, что она закрепилась в форме чистого прозвища. В украинской ономастике такие фамилии без суффикса встречаются чаще: Диякон, Паламар, Піп. В польском языке есть аналогичная фамилия Diakon, что говорит о возможном западном влиянии на земли, входившие в Речь Посполитую.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» форма «Дьяконов» отмечена как стандартная для великорусских земель, а вот «Диякон» — вариант юго-западных регионов (современные Украина, Беларусь, юг России). Встречается также написание «Дияконенко» — с украинским патронимическим суффиксом, что дополнительно подтверждает географию.

Сословно носители фамилии, скорее всего, принадлежали к духовенству или к крестьянам, получившим прозвище от церковной службы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — в родословных книгах она не встречается. Сейчас фамилия редкая, но её носители живут в основном в Украине, Беларуси и в южных областях России.