Фамилия Диякону — редкий случай, когда написание прямо указывает на путь, по которому она попала в русский язык. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, эта фамилия имеет румынское (молдавское) окончание -у. Это не суффикс, а артикль, который в румынском языке прикрепляется к концу слова. Поэтому разбирать фамилию нужно, отбросив это -у: основа «диякон».

Основа «диякон» — это церковный термин, обозначающий низшую степень священства. В русском языке это слово пишется через «а» — «дьякон», но в южнославянских и романских языках (румынском, молдавском) сохранилось греческое произношение с «и»: «диакон». Таким образом, фамилия Диякону в буквальном смысле означает «дьяконов», то есть «сын дьякона» или «принадлежащий дьякону», только оформленная по молдавской модели.

Географически фамилия Диякону почти наверняка происходит из исторической Бессарабии (современные Молдова и прилегающие области Украины). В XIX веке, когда эти земли входили в состав Российской империи, многие молдаване получали фамилии именно в такой форме. Интересно, что в русских документах фамилию могли записывать по-разному: и как Диякону, и как Диакону, и даже как Дьяконов, если писарь переводил её на русский лад.

В социальном плане носители фамилии, скорее всего, были либо потомками церковнослужителей, либо людьми, получившими прозвище за сходство с дьяконом (например, за степенность или за привычку громко читать). В Молдавском княжестве дьяконы часто были грамотными людьми, и их дети могли занимать небольшие должности при церкви или в канцеляриях, что и закрепило за ними это именование как фамильное.