Фамилия Доманикова — женская форма фамилии Домаников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Доманик. Самая вероятная основа здесь — каноническое мужское имя Дометий (греч. «укротитель, господин»). В русской простонародной традиции это имя нередко трансформировалось в Доманик, Доман, Доманя. Суффикс -ик- в основе указывает на уменьшительно-ласкательную или обиходную форму, а не на полное имя.

Модель образования фамилии — типично русская: к основе на согласный добавляется суффикс -ов. Домаников — «сын Доманика». Поскольку фамилия оканчивается на -ов, а не на -ин, это указывает на то, что в основе лежало не женское имя или прозвище на -а/-я, а мужское. Встречаются и однокоренные фамилии: Доманов, Доманский, Домашев, но Домаников выделяется именно архаичным суффиксом -ик, который реже используется в фамилиях, чем -к-.

Географически фамилия нечастотная. Она встречается в центральных и северных регионах России, в частности в Вологодской, Костромской, Ярославской областях, а также в Поволжье. Это указывает на то, что предки носителя фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами — дворянские фамилии чаще образовывались от полных церковных форм или имели суффикс -ский. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается Доманик, крестьянин XVI века, что подтверждает древность и народный характер этого имени.

Если рассматривать альтернативную версию, то в некоторых говорах «доманикой» могли называть домоседа или человека, привязанного к дому. Но это скорее народная этимология: прозвище такого типа давалось бы по поведению, но тогда фамилия звучала бы как Домаников, а не от имени. Версия с именем Дометий выглядит убедительнее из-за наличия документальных подтверждений бытования формы Доманик в русских писцовых книгах.

Таким образом, фамилия Доманикова в исходном значении — «принадлежащая роду Доманика», то есть потомка человека, которого в быту звали Домаником, то есть Дометием.