Фамилия Доманин — одна из тех, что образованы от женского имени, что бывает реже, чем патронимы от мужских имён. В основе лежит имя Доманя — просторечная, обиходная форма крестильного имени Домна. Само имя Домна восходит к латинскому слову domina — «госпожа», «хозяйка». Таким образом, фамилия Доманин буквально означает «потомок женщины по имени Домна» или, в более широком смысле, «принадлежащий Домане».

Выбор женского имени в качестве основы для фамилии может указывать на то, что ребёнок рос без отца или что мать играла в семье ключевую роль. В русской традиции такие фамилии на -ин (от основ на -а/-я) часто давали детям, записывая их по матери.

С образом Домны связана история мученицы Домны Никомидийской. Согласно житию, она была языческой жрицей при дворе императора Максимиана. Прочитав Деяния апостолов, Домна уверовала во Христа и приняла крещение от епископа Кирилла. Вместе с верным слугой, евнухом Индисом, она стала раздавать бедным драгоценности и пищу с царского стола. Когда начальник евнухов заточил их и морил голодом, они, по преданию, получали подкрепление от ангелов. Чтобы покинуть дворец, Домна притворилась безумной, после чего её удалили. Она поселилась в девичьем монастыре, но, когда слуги императора её разыскали, была казнена.

Фамилия Доманин не слишком распространена. Встречается преимущественно в центральных и южных регионах России. С точки зрения словообразования она типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, а основа — на имя или прозвище, оканчивающееся на -а. Однокоренные фамилии — Домнин, Домнов, Домников — образованы от других форм того же имени или от производных прозвищ.