Фамилия Доманина — одна из тех, что образованы от просторечной, домашней формы крестильного имени. В основе здесь лежит имя Доманя, которое в народе давали женщинам, носившим полное церковное имя Домна. Латинское domina переводится как «госпожа», «хозяйка», так что значение у имени высокое, почти титульное.

За именем Домна стоит история мученицы Домны Никомидийской. Она служила языческой жрицей при дворе императора Максимиана, но, прочитав Деяния апостолов, уверовала во Христа. С помощью евнуха Индиса и епископа Кирилла она приняла крещение и начала раздавать драгоценности и пищу с царского стола беднякам. Когда начальник евнухов заточил их обоих и морил голодом, по преданию, их поддерживали Ангелы. Спасаясь от языческого окружения, Домна притворилась безумной, затем жила в женском монастыре, где игуменья остригла её и переодела в мужскую одежду. В конце концов слуги императора нашли её и казнили.

Суффикс -ин в фамилии Доманина указывает на принадлежность: буквально это «дочь (или жена) Домани». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от женских имён или прозвищ. Если предок был мужчиной с прозвищем Доманя (что тоже возможно — уменьшительная форма от Доман, Домей), то фамилия всё равно закрепилась в «женском» варианте, что встречается реже, чем патронимы на -ов/-ев.

Географически фамилия редкая и рассеяна: носители встречаются и в центральных областях России, и на Урале, но крупных «гнёзд» не образует. Окончательно установить, где именно и когда возник род Доманиных, можно только по генеалогическим документам — метрическим книгам и ревизским сказкам, ведь фамилии в крестьянской и мещанской среде закреплялись вплоть до XIX века.