Фамилия Доманников — редкий случай, когда прозвище или имя, лёгшее в основу, почти полностью вытеснено суффиксом, несущим основную смысловую нагрузку. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Доманников), остаётся корень «Доманник». В нём, в свою очередь, отчётливо выделяется суффикс -ник, который в древнерусском языке превращал существительное в название человека по его занятию или свойству. То есть Доманник — это не просто человек, а тот, кто как-то связан с домом.

Сам корень «Дом-» здесь, скорее всего, не от слова «дом» в современном значении «жилище», а от канонического крестильного имени Домант (или Доман). Имя это — сокращённая форма от полного Дометий или Дометиан (от латинского domitus — «укрощённый», «приручённый»). В народной речи такие имена часто обрастали уменьшительными суффиксами: Доман → Доманник. Таким образом, Доманников — это «сын Доманника», то есть внук или потомок человека, которого в быту звали ласково-уменьшительно по крестильному имени.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — от прозвища, данного по занятию. «Доманник» могло означать не просто домоседа, а человека, отвечающего за домовое хозяйство, ключника или управляющего в большом поместье. В говорах слово «доман» иногда означало «хозяин», «домовладелец», и форма с -ник могла закрепиться за его подчинённым или помощником. Однако в этом случае фамилия, скорее всего, встречалась бы в документах XVII–XVIII веков в среде дворовых людей или однодворцев, что требует дополнительной проверки по региональным архивам.

Географически фамилия Доманников тяготеет к центральным и северным областям России — Вологодчине, Костромской и Ярославской губерниям, где имя Домант было в ходу до середины XIX века. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, родоначальник был известен в одном селе или волости, и фамилия закрепилась за его потомками, не распространившись широко. Сравнение с однокоренными фамилиями Доманов, Доманцев, Домантов показывает, что суффикс -ников встречается реже остальных, что делает Доманниковых носителями более «разговорной», народной формы.