Фамилия Домашонкина — редкий пример, где женская форма закрепилась в документах как основная, а не производная от мужской. В большинстве случаев русские фамилии на -ин образуются от мужских прозвищ или имён, но здесь исходная мужская форма — Домашонкин — встречается реже, чем женская. Это не ошибка, а отражение бытовой традиции: в некоторых регионах, особенно в центральной России, фамилию фиксировали по матери или вдове, если хозяйство вела женщина.

Корень фамилии — «Домашонк-» — восходит к прозвищу Домашонок. Суффикс -онок в русских фамилиях типичен для северных и центральных областей (сравните: Котёнок — Котёнков, Рыжонок — Рыжонков). Он указывает на «малого» или «младшего»: Домашонок — это младший член семьи, сын или внук человека по имени Домаш. Само имя Домаш — сокращённая форма от Домашний, Домаш, Домант или даже Дометий. В народе так могли называть ребёнка, который родился дома, в отличие от тех, кого крестили в церкви, или, наоборот, домоседа.

Другая версия — прозвище Домашонок могло относиться к человеку, который жил при доме, то есть был прислугой, батраком или воспитанником. В старину «домашним» называли не только членов семьи, но и всех, кто жил под одной крышей, включая работников. Тогда фамилия Домашонкина указывает на социальное положение предка: он не был хозяином, а «малым» при доме.

Географически фамилия привязана к центральным и северным губерниям России — Вологодской, Костромской, Ярославской. Там суффикс -онок особенно активен: в местных говорах «домашонок» могло означать «домашний ребёнок» или «мальчик, оставшийся дома». Встречаются однокоренные фамилии Домашов, Домашев, Домашнев, но Домашонкина стоит особняком из-за редкой уменьшительно-ласкательной формы.

В написании нет двойных букв или сложных окончаний — это типичная патронимическая фамилия, где суффикс -ин присоединён к основе на -к. Если бы предка звали Домашонок, то сына назвали бы Домашонков, а дочь или жену — Домашонкина. Со временем женская форма закрепилась за родом, что нередко происходило в крестьянской среде, где женщины вели документацию по хозяйству.