Фамилия Дуганов чаще всего образована от древнетюркского мужского имени Туган. У этого имени два основных значения: «кровный родственник, брат» и «сокол». Второй вариант не случаен: имена, произведённые от названий хищных птиц, были распространены у многих восточных народов — так родители желали сыну зоркости, силы и свободы.

Замена начального «т» на «д» (Туган → Дуган) — типичное фонетическое явление для языков Средней Азии. Поэтому корни фамилии, скорее всего, ведут в казахскую, узбекскую или туркменскую среду. Русский суффикс -ов добавился уже при адаптации имени в русскоязычной документации, превратив личное имя в фамилию по модели «чей?» — Дуганов, то есть потомок Дугана.

Встречается и более редкая версия: связь с тюркским словом «дуган» — «родственник, свойственник». В этом случае фамилия указывала не на личное имя предка, а на его положение в роду или характер родственных связей. Однако первая гипотеза выглядит убедительнее: личные имена в основе фамилий — самый частый и естественный путь их образования.

Фамилия не относится к числу распространённых в России, но её носители встречаются в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где исторически были сильны контакты с тюркскими народами.