Фамилия Дуганова (а также её мужская форма Дуганов) происходит от древнетюркского мужского имени Туган. У этого имени два основных значения: «кровный родственник, брат» и «сокол». Оба варианта хорошо вписываются в традиции восточных народов: имена, указывающие на родство, и имена, образованные от названий хищных птиц, были там широко распространены.

Ключевая особенность этой фамилии — фонетический переход начального «т» в «д» (Туган → Дуган). Такая замена — частое явление в языках Средней Азии, поэтому фамилию логичнее всего связывать с казахскими, узбекскими или туркменскими корнями. Модель образования проста: к основе Дуганов- добавляется типичный русский суффикс -ов/-ев, который в женском варианте даёт окончание -а. Это значит, что предок носителя фамилии носил прозвище или имя Дуган.

Встречается фамилия не только в Средней Азии, но и в других регионах. Например, в Книге памяти Республики Карелия упоминается Григорий Федорович Дуганов, 1888 года рождения, из села Коткозеро Олонецкого района. В документах Алматы зафиксирован Гуляхун Дуганов, родившийся в 1889 году в селе Караджут Чиликского района Алма-Атинской области. А в документах Карагандинской области есть сведения о Дмитрии Михайловиче Дуганове, 1921 года рождения, уроженце Тульской области. Эти примеры показывают, что носители фамилии жили и в центральной России, и в Казахстане. Окончательно определить точное место и время возникновения рода можно только по результатам генеалогических исследований.