Фамилия Духаниа — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с привычными славянскими моделями. Если отбросить типичные «-ов» и «-ин», сразу видно: перед нами фамилия, которая могла возникнуть на Кавказе или в среде народов, испытавших грузинское или абхазское влияние. Конечное «-а» и характерное ударение указывают на западнокавказскую языковую среду, где фамилии часто образуются от личных имён, прозвищ или названий местности.

Основа «Духан» — это не русское слово. В тюркских языках «духан» означает таверну, харчевню или лавку (сравните с турецким «dükkân» — магазин). Но в грузинском и абхазском это слово тоже прижилось, обозначая торговое заведение или постоялый двор. Вполне вероятно, что первый носитель фамилии Духаниа был либо владельцем такого заведения, либо жил рядом с ним. Суффикс «-иа» (или «-иа») — типичный для западногрузинских и мегрельских фамилий (сравните: Гулиа, Баркалиа), он указывает на принадлежность к роду или род занятий. Таким образом, фамилия могла означать «принадлежащий к духану» или «сын духанщика».

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с личным именем. В некоторых кавказских языках «Духа» могло быть сокращением от более длинного имени, а суффикс «-ниа» — патронимическим. Но, учитывая распространённость тюркского слова «духан» в быту, первая версия — прозвище по профессии или месту — выглядит убедительнее. Споров тут немного, так как иных корней в русском языке у этой фамилии нет.

В России фамилия Духаниа встречается крайне редко, в основном в южных регионах, где исторически сильны кавказские диаспоры, или в крупных городах. Это не крестьянская фамилия из центральных губерний, а скорее пришлая, отражающая миграционные процессы XIX–XX веков. Социальный контекст её носителей мог быть разным: от мелкого торговца до человека, чей предок держал постоялый двор на оживлённом тракте.