Фамилия Духницая — редкий случай, когда написание подсказывает ответ быстрее, чем корень. Окончание «-ая» и суффикс «-иц-» выдают в ней типичную «фамилию-прилагательное» женского рода, образованную по модели, характерной для юга России и Украины. В мужском варианте она звучала бы как Духницкий. Такие фамилии часто закреплялись за целыми семьями в документах XIX века, когда при переписях писарь фиксировал женскую форму как основную, если хозяйство вела вдова или если речь шла о прозвище, данном по дому.

Корень «дух-» в фамилиях обычно отсылает к двум разным источникам. Первый — запах, духмяность, что могло стать прозвищем человека с острым обонянием или, наоборот, нечистоплотного. Второй — духовная сфера: «дух» как душа, дыхание, даже «духовник». Но в случае с суффиксом «-иц-» (Духницая) вероятнее бытовое, а не церковное происхождение. В украинской и белорусской традиции «духниця» — это кадка или бочонок для теста, квашня. То есть прозвище Духница мог получить пекарь или хлеботорговец, чья работа была связана с «духом» свежей выпечки. Женская форма фамилии закрепилась за его женой или вдовой, а затем и за потомками.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным областям бывшей Российской империи. Встречается в Черниговской, Полтавской, Херсонской губерниях, а также среди переселенцев на Кубани. В центральных и северных регионах России такая модель (на «-ицкая») менее типична: там чаще говорили бы Духнов или Духнин.

В дореволюционных метрических книгах написание колебалось: Духницкая, Духницкая, реже — через «ы» (Духницкыя). Вариант Духницая без «к» перед «-ая» — результат упрощения в устной речи или ошибки писаря, который записывал фамилию на слух, отбрасывая «лишний» согласный. Такая орфографическая неустойчивость — обычное дело для фамилий, которые долго бытовали в крестьянской среде без письменной фиксации.

Таким образом, носитель фамилии Духницая с высокой вероятностью происходит из семьи ремесленника-пекаря или хлебопашца, чье прозвище пошло от запаха выпечки, либо от человека, получившего уличное имя за свою «душистую» особенность. Принадлежность к духовному сословию маловероятна: для священников характерны фамилии на «-ский» от названий храмов (Троицкий, Успенский), а не от бытовых прозвищ.