Фамилия Дьяконенков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Дьяконом или дьяком (от греческого diаkonos – «служитель») раньше называли представителя низшего духовного чина, служащего при церкви, не имевшего права совершать богослужения, но занимавшегося ведением хозяйственных дел общины. Таким образом, фамилия Дьяконенков получена от отца, служившего дьяком. Суффикс -енко указывает на то, что фамилия Дьяконенков складывалась под восточно-украинским влиянием. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Дьякон, со временем получил фамилию Дьяконенков. О точном месте и времени возникновения фамилии Дьяконенков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Дьяконенков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.